かなりの亀レス＋超長文ですが、お許しください。

私は、両者のスペックを比較して、どちらが勝ちやすいかを見ていきたいと思います。
まず遠距離戦を想定してみましょう。セイスモのゼネバス砲ですが、あれは恐らくHEシールドで十分防げると思います。ギガのシールドは、あのデスザウラーの大口径粒子砲に３発も耐えた代物です。その強固さを考えると、ゼネバス砲でも貫通はできないでしょう。
そもそも、ゼネバス砲は出力面でデス荷電より低いと私は思っています。荷電粒子砲は運動エネルギー兵器ですので、威力が大きいものほど反動は大きくなります。デスザウラーは、光速に達する荷電粒子ビームの恐るべき反動を400tの体重と超重装甲で解決しましたが、セイスモサウルスは体重がデスの半分以下であるため、とてもこれと同等の反動に耐えれると思えません。（コロコロの記述では、セイスモの装甲は超重装甲ということですが、凱龍輝の３連砲の連射で貫けるとのことなので、どうしても強度面で不安が残ります。）
では何故ゼネバス砲が対ギガ用兵器になり得たかというと、その恐るべき射程距離が要因であると思われます。そもそも何故ゼネバス砲が「超集束」であるかというと、貫通力の向上以上に「射程距離の向上」のためだと思われます。いかに強力な兵器でも、敵にその存在を感づかれては威力も半減します。そのためセイスモは、レーダー外からギガを射抜く為に、荷電粒子砲を超集束にせざるを得なくなったのです。レーダーに写らない距離から、光速に近い速度でビームが飛んでくる。正に「気がついたら殺られてた」状態になるでしょう。これでは、頼りのシールドを発動する前に、コアを貫かれてしまいます。やはり、遠距離ではセイスモサウルスが圧倒的のようです。
次に、接近戦。これは間違いなくギガが上です。セイスモサウルスの武装を見ると、格闘用兵器があまりないのが分かります。「格闘王」の名が付くギガが、接近戦で敗れるとは思えません。何しろギガは、デスザウラー以上と言われる存在なのですから。
（注　この文では、アルティメットセイスモの事を省いております。セイスモ単体の強さではないので。） :-P :-o